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Pour calculer le temps, vous avez plusieurs choix, pour avoir des résultats en secondes, millisecondes, nano secondes :

En nano secondes

System.nanoTime()

long tempsT1 = System. nanoTime();
// programme, boucle dont il faut mesurer le temps
	long tempsT2 = System. nanoTime();
	System.out.println("Temps : " + (tempsT2 - tempsT1) + " ");

Vous pouvez aussi voir ManagementFactory.getThreadMXBean().getCurrentThreadCpuTime()

En millisecondes

System.currentTimeMillis()

long tempsT1 = System.currentTimeMillis();
// programme, boucle dont il faut mesurer le temps
	long tempsT2 = System.currentTimeMillis();
	System.out.println("Temps : " + (tempsT2 - tempsT1) + " ");

En secondes

Date.getTime()

Date dStart = new Date();
// programme, boucle dont il faut mesurer le temps
Date dStop = new Date();
System.out.println("Temps : " + (dStop.getTime() - dStart.getTime() + " ");